Cereus Biosciences utilise le « dark genome » pour développer des vaccins sur étagère

Cereus Biosciences propose une nouvelle thérapie vaccinale contre le cancer. Spin-Off de l’Institut Curie, l’entreprise développe des vaccins « prêts à l’emploi » en exploitant une partie encore largement inexplorée de notre ADN : le « dark genome », une source abondante d’antigènes spécifiques du cancer. Une approche qui pourrait réduire considérablement les coûts et les délais de production, avec un premier candidat ciblant le cancer du pancréas.

Les vaccins thérapeutiques personnalisés développés notamment par BioNTech ou Moderna constituent une avancée majeure en immunothérapie. Mais leur production reste complexe. Chaque vaccin est conçu à partir de la tumeur d’un patient, après séquençage et identification de ses propres antigènes tumoraux. « On parle de plusieurs dizaines, voire centaines de milliers d’euros pour une dose de vaccin pour un patient », souligne Antonin Morillon, directeur de recherche au CNRS, directeur de l’unité DIG-Cancer à l’Institut Curie et cofondateur de Cereus Biosciences. Un délai de plusieurs semaines est également nécessaire avant de pouvoir administrer le traitement, un temps souvent incompatible avec des cancers particulièrement agressifs comme celui du pancréas.

Explorer les 98 % du génome encore peu exploités

Pour contourner cette limite, Cereus développe un vaccin « sur étagère » (off-the-shelf), administrable à de nombreux patients sans personnalisation préalable. La difficulté consiste alors à identifier des antigènes communs à une large proportion de malades. C’est là qu’intervient la principale innovation de la startup. Alors que la quasi-totalité des programmes de vaccination thérapeutique se concentrent sur les 2 % du génome codant des protéines, Cereus explore également les 98 % restants, longtemps considérés comme dépourvus de fonction. Cette partie renferme notamment des séquences encore mal caractérisées, des éléments répétés ou encore d’anciens virus intégrés au génome, susceptibles de produire de nouveaux antigènes tumoraux.

Pour les identifier, Cereus s’appuie sur une plateforme propriétaire baptisée DIVA, qui combine analyses bioinformatiques, validation biologique et qualification immunologique des candidats. Son moteur d’analyse, propriétaire, Kneo-max (en licence exclusive à Cereus), s’affranchit du génome de référence classiquement utilisé en recherche afin de comparer directement les séquences issues de tissus sains et tumoraux. Cette approche permet d’identifier des néo antigènes à fort potentiel immunogène, c’est-à-dire de nouvelles protéines produites par les cellules cancéreuses et capables de déclencher une forte réponse immunitaire, jusque-là invisibles pour les méthodes conventionnelles.

Une preuve de concept avant l’entrée en clinique

La startup a déjà franchi plusieurs étapes de maturation. Ses antigènes ont été validés sur des tumeurs de patients, des organoïdes, des modèles PDX et des cultures cellulaires. Un premier brevet a été déposé et la société travaille désormais à définir la formulation vaccinale optimale, en sélectionnant le meilleur cocktail d’antigènes ainsi que le vecteur lipidique permettant leur administration. L’objectif est désormais de lancer un premier essai clinique de phase 1 d’ici fin 2027 2027, avec l’accompagnement actif de la Pre Cindy Neuzillet, gastroentérologue au sein du service d’Oncologie digestive et médicale de l’hôpital Paul Brousse. Les premiers essais devraient concerner une quinzaine de patients atteints d’un cancer du pancréas, afin d’évaluer la réponse immunitaire obtenue et d’ajuster, si nécessaire, la composition du vaccin.

Réduire les coûts pour rendre ces vaccins accessibles

Au-delà de la rupture scientifique, Cereus revendique également une ambition économique. Là où un vaccin personnalisé reste aujourd’hui extrêmement coûteux, la startup estime pouvoir produire son vaccin pour un coût proche de celui d’autres vaccins à ARN. « Notre objectif est d’être de l’ordre du millier d’euros la dose », indique Antonin Morillon.

Après un premier accompagnement par un startup studio, puis par des Business Angels et Bpifrance, Cereus cherche désormais des investisseurs institutionnels capables d’accompagner son passage vers la clinique. Si les premiers essais confirment la pertinence de son approche, la plateforme pourrait ensuite être étendue à d’autres cancers, comme les cancers colorectaux ou ovariens, voire, à plus long terme, permettre l’identification d’antigènes communs à plusieurs types de tumeurs.