La Cour des comptes présente ses recommandations pour améliorer la politique de soutien à la recherche partenariale

Le 27 juillet, la Cour des comptes a publié son rapport « Les partenariats entre la recherche publique et les entreprises », dressant un constat contrasté de la politique française de soutien à la recherche partenariale. Si l’État a investi près de 19 milliards d’euros en dix ans pour rapprocher laboratoires publics et entreprises, ces efforts peinent encore à produire les effets attendus sur l’innovation. Pour y remédier, la juridiction financière formule une dizaine de recommandations visant à mieux cibler les financements, simplifier l’écosystème et lever les freins qui limitent encore les collaborations entre chercheurs et industriels.

Depuis les années 2000, la France a multiplié les dispositifs destinés à rapprocher recherche publique et entreprises : conventions CIFRE, Instituts Carnot, pôles de compétitivité, Programmes d’investissements d’avenir (PIA), puis France 2030. Entre 2014 et 2024, près de 19 milliards d’euros ont ainsi été consacrés à la recherche partenariale, avec un pic de 3 milliards d’euros en 2024. Pour autant, la Cour estime que cette montée en puissance ne s’est pas encore traduite par une transformation durable de l’économie française. Seules 15 à 20 % des entreprises innovantes collaborent aujourd’hui avec un organisme public de recherche et, si ces partenariats semblent bénéficier aux entreprises qui y ont recours, leur impact macroéconomique reste difficile à démontrer. Les dépenses privées de R&D stagnent et le nombre de nouveaux contrats de recherche tend à plafonner. La Cour résume ainsi le principal défi : « l’enjeu n’est plus tant de créer de nouveaux dispositifs que d’améliorer l’efficacité de ceux qui existent déjà ». 

Construire une stratégie nationale

Pour la Cour des comptes, la première priorité consiste à sortir d’une logique d’accumulation des dispositifs. Au fil des années, les financements se sont multipliés sans toujours s’inscrire dans une vision cohérente. ANR, Bpifrance, ADEME, Régions, Europe, Instituts Carnot, IHU, RHU, Bioclusters, IRT, ITE, PUI… l’offre est devenue particulièrement dense, au risque de perdre en lisibilité pour les chercheurs comme pour les entreprises.

La juridiction recommande donc l’élaboration d’un plan national de développement de la recherche partenariale, construit conjointement par l’Etat, les organismes de recherche et les acteurs économiques. Celui-ci devrait identifier un nombre limité de priorités stratégiques, suffisamment stables dans le temps pour donner de la visibilité aux acteurs, plutôt que disperser les financements entre une multitude de dispositifs. La Cour estime en effet que les financements publics doivent être « mieux arrimés à de grandes priorités nationales moins nombreuses mais plus affirmées ». 

La cour invite également à revoir l’articulation entre financements nationaux et européens. Elle recommande de mobiliser plus systématiquement les programmes européens, en particulier Horizon Europe, avant de solliciter les dispositifs français. L’objectif de cette recommandation est double : d’abord, accroître les ressources disponibles pour les projets de recherche partenariale et, ensuite, éviter les effets de redondance entre les différents guichets de financement.

Dans cette logique, elle propose également de privilégier les projets co-financés par les entreprises et de réformer certains appels à projets afin d’augmenter leur taux de succès et de soutenir davantage les innovations de rupture.

Simplifier l’écosystème autour des PUI

Le rapport pointe également une gouvernance devenue trop complexe. En effet, les organismes de recherche ont progressivement développé leurs propres structures d’accompagnement, auxquelles sont venus s’ajouter les Pôles universitaires d’innovation (PUI), créés en 2024. Si ces derniers constituent une opportunité pour mieux coordonner les acteurs du transfert de technologie, ils s’inscrivent aujourd’hui dans un paysage «d’empilement organisationnel » où les responsabilités sont parfois difficiles à identifier. 

Plutôt que de créer de nouveaux dispositifs, la Cour préconise désormais de consolider les PUI, dont les financements doivent s’interrompre en 2027. Elle appelle à les pérenniser tout en renforçant leur efficacité, notamment par la mutualisation des compétences et une amélioration mesurable du service rendu aux chercheurs et aux entreprises. Elle souhaite également revoir les méthodes d’évaluation afin de mesurer non plus seulement les moyens engagés, mais leur impact réel sur la R&D privée, l’innovation et la qualité de l’accompagnement.

Mieux reconnaître les chercheurs qui innovent

Enfin, les règles de gestion de la recherche publique continuent, selon la cour, de privilégier les publications scientifiques au détriment des activités de valorisation et des collaborations avec les entreprises. Les mobilités vers le secteur privé restent limitées, tandis que les rémunérations prennent rarement en compte l’implication dans les projets partenariaux. Pour la Cour, « les réticences culturelles n’expliquent pas tout », les principaux freins étant aussi organisationnels, juridiques et liés aux ressources humaines. 

Pour faire évoluer cette culture, la Cour propose d’intégrer explicitement les activités de valorisation dans l’évaluation des chercheurs et des enseignants-chercheurs, mais aussi de développer des mécanismes d’intéressement, afin de mieux récompenser l’implication dans les partenariats avec les entreprises. Comme le souligne la Cour, « adosser un intéressement financier aux activités partenariales permettrait d’adresser un signal favorable à la communauté académique ». Il pourrait s’agir aussi bien de mieux valoriser les dépôts de brevets, que de mettre en place des dispositifs d’intéressement collectif associant les équipes aux retombées des collaborations industrielles. La cour souligne que certains établissements ont déjà intégré les activités de valorisation dans leur fonctionnement. Elle cite notamment le CEA comme exemple de bonnes pratiques, où les collaborations avec les entreprises sont pleinement reconnues dans le parcours professionnel et la politique de ressources humaines. A l’inverse, dans de nombreux établissements de recherche et d’enseignement supérieur, les publications scientifiques demeurent le principal critère d’évaluation des carrières. Enfin, la juridiction recommande de faciliter les activités de conseil des chercheurs, tout en maintenant un contrôle déontologique. L’objectif affiché est de rapprocher durablement les mondes académique et économique sans remettre en cause le rôle de la recherche fondamentale.